定向改良與轉基因轉育
利用分子標記輔助選擇回交和轉基因后代，快速純化遺傳背景。
定向改良
傳統回交育種需要8 代以上才能高度回復輪回親本 的遺傳背景，回交定向改良，可以在確保目標基因導入的前提下，在每一代的回交群體中選擇遺傳背景與輪回親本最相似的個體進行下一代回交，顯著加速遺傳背景純化。與傳統回交育種比較，定向改良品種平均提前2 年進入市場。
轉基因轉育
對于需要通過轉基因技術定向改良的品種，可以通過基因檢測鑒定目的基因的轉入，也可鑒定轉化后的個體中遺傳背景純度，選擇其中最穩定、導入片段最小的個體投入下一步的選育工作。在加速育成品種穩定和背景純化的同時，減少導入的無用片段，為進一步精準育 種和更多優良基因的聚合做準備。
技術路線
案例分析
國家雜交水稻工程技術研究中心利用全基因組選擇 對某群體進行回交改良，在確保前景標記的前提下，在BC3F1 代將99.6% 的遺傳背景回復到與輪回親本一致。 某種業公司利用該技術體系，將玉米抗蟲轉基因表達盒的快速導入，實現非轉基因玉米株系快速轉育為抗蟲轉基因 玉米。